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Affinitätselektrophorese
Die Affinitätselektrophorese umfasst in der Biochemie alle elektrophoretischen Verfahren, bei denen ein verändertes Laufverhalten von Molekülen (z.
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Grundprinzip
Die Affinitätselektrophorese umfasst biochemische elektrophoretische Verfahren, bei denen sich das Laufverhalten von Molekülen durch ihre gegenseitige Affinität, also ihre spezifische Bindungsneigung, verändert. Untersucht werden können beispielsweise Proteinkomplexe oder DNA-Protein-Komplexe. Bilden Moleküle einen Komplex, ändern sich ihre Laufgeschwindigkeiten in der Elektrophorese. Deshalb werden diese Verfahren auch electrophoretic shift assays genannt.
Varianten und beobachtete Größen
Je nachdem, welcher Parameter der Elektrophorese verfolgt wird, unterscheidet man:
- mobility shift electrophoresis: Es wird die Laufweite beobachtet.
- charge shift electrophoresis: Es wird der isoelektrische Punkt verfolgt. Der isoelektrische Punkt ist der pH-Wert, bei dem ein Molekül insgesamt keine elektrische Nettoladung besitzt.
- affinity capillary electrophoresis: Diese Form nutzt eine Kapillarelektrophorese.
Nachweis von Bindungen
Protein-Protein-Interaktionen können mit Clear-Native-PAGE, Blue-Native-PAGE oder SDS-PAGE nach einer Quervernetzung nachgewiesen werden.
Die Interaktion von DNA mit Proteinen lässt sich durch einen Electrophoretic Mobility Shift Assay oder durch Kapillarelektrophorese nachweisen.
Auch die Bindung von Kohlenhydraten an Proteine ist untersuchbar. Ein Beispiel ist die Bindung von Polysacchariden an Lektine; dafür wird die Lektin-Affinitätselektrophorese verwendet.